Sinh học phân tử: Hoạt tính sinh học và hợp chất tự nhiên: Sàng lọc hợp chất tự nhiên có hoạt chất sinh học, nghiên cứu cơ chế tác động mức phân tử; Nghiên cứu y sinh học: Sản xuất protein tái tổ hợp - Kháng thể đơn dòng, Phát triển công cụ chẩn đoán phân tử tác nhân gây bệnh, vai trò của sự mất ổn định bộ gene trong quá trình sinh ung thư, nghiên cứu nhóm E.coli sinh độc tố Shiga.

Di truyền: Nuôi cấy mô: Nhân giống một số dược liệu và cây trồng có giá trị; Chọn giống: Giống cây đột biến kháng stress môi trường, biện dị dòng soma; Di truyền tế bào: Lập Karyotype, theo dõi sự thay đổi nhiễm sắc thể của mô nuôi cây.

Công nghệ sinh học Bacillus: Biểu hiện, tinh chế protein, phát triển vector biểu hiện cho Bacillus, phát triển vector "microbiobot".

Nấm rễ và nấm ưa đạm: Đa dạng sinh học và đặc điểm sinh lý - sinh thái của nấm ưa đạm và nấm rễ ở miền nam Việt Nam; ảnh hưởng của các tác nhân vật lý, hóa học và sinh học đối với sự hình thành quả thể của nấm rễ ngoại cộng sinh; cơ chế hấp thu cesium và kim loại nặng của nấm hoại sinh và nấm rễ.

Vi sinh ứng dụng trong nông nghiệp: Nấm Trichoderma spp.; nấm ký sinh trên côn trùng: Metarhizium anisopliae, Cordyceps spp., Isaria, Bauveria, Paecilomyces,…; xạ khuẩn phân giải cellulose.

Vi khuẩn acetic: Thu thập vi khuẩn và nghiên cứu hệ thống học vi khuẩn thông qua đối tượng vi khuẩn acetic với định hướng ứng dụng trong nông nghiệp, chế biến thực phẩm và công nghiệp.

Nấm lớn: Phân loại học nấm lớn; nuôi trồng nấm ăn; tách chiết các hợp chất có hoạt tính sinh học có trong nấm lớn.

Vi tảo: Phân lập, nuôi cấy, nghiên cứu đặc điểm sinh lý vi tảo; nghiên cứu đa dạng các loài khuê tảo - Lên men rượu trái cây: Nghiên cứu lên men một số trái cây (đặc biệt vang nho); nghiên cứu, sản xuất cây giống sạch bệnh (virus).

Công nghệ Enzyme: Thụ nhận, tinh sạch Enzyme tự nhiên và tái tổ hợp hướng đến ứng dụng trong thực phẩm, nông nghiệp, môi trường và y dược (Laccasse, Nattokinase tái tổ hợp, glutamate, dehydergenase...); Phân lập, tạo dòng biểu hiện và khảo sát chức năng các mã gene mã hóa enzyme tham gia tổng hợp các hợp chất tự nhiên có giá trị (methylketone, tinh dầu, cao su...) prenyltransferase, terpene synthase...

Các hợp chất có hoạt tính sinh học: Ly trích các hợp chất tự nhiên từ thực vật, động vật và vi sinh vật; Tổng hợp một số hoạt chất và một số loại nano có hoạt tính sinh học; Nghiên cứu hoạt tính kháng khuẩn, kháng oxi hóa, kháng viêm, kháng ung thư, ức chế enzyme, hướng đến ứng dụng trong thực phẩm, mỹ phẩm y dược và nông nghiệp.

Sinh khối và năng lượng sinh học: Thu thập và hỗn hợp vi sinh vật lên men H2; Ứng dụng H2, bằng pin nhiên liệu...

Sinh tổng hợp hơp chất thứ cấp và ứng dụng trong kỹ thuật cải biến con đường chuyển hóa: Thiết kế/cải biến con đường sinh tổng hợp các chất thứ cấp có giá trị ứng dụng cao ở thực vật và vi sinh vật thông qua kỹ thuật di truyền; Nghiên cứu quá trình sinh tổng hợp một số chất thứ cấp ở thực vật ở mức độ phân tử: Các hợp chất có giá trị cao (Methylketone, cao su tự nhiên...).

Dinh dưỡng thực vật: hấp thu và vận chuyển nước, dinh dưỡng khoáng và thủy canh, quang hợp, hô hấp, kiểm soát dự trữ lipid trong hột và củ… 

Phát triển thực vật: chất điều hòa tăng trưởng thực vật, sự phát sinh hình thái và nuôi cấy in vitro, phát triển hoa, trái và hột, tiềm sinh, lão suy, nảy mầm, kiểm soát cỏ dại… 

Sinh lý tế bào thực vật: nuôi cấy mô và tế bào, tạo mô sẹo và dịch treo tế bào, sinh phôi thể hệ, quang hợp của lục lạp cô lập,…

Công nghệ gene và Ứng Dụng: Hướng nghiên cứu sản xuất protein thuốc tái tổ hợp trên hệ thống vi sinh vật; Hướng nghiên cứu Cây thuốc dân gian; Hướng nghiên cứu Bacteriocin; Hướng nghiên cứu cơ chế phát sinh bệnh thần kinh và sàng lọc hợp chất kháng ung thư trên mô hình ruồi giấm.

Y sinh học GMIF: Phân tách tế bào dựa vào từ tính (MACS) - Ứng dụng chấm lượng tử (quantum dot) để đánh dấu và theo dõi tế bào - Nghiên cứu tạo vắc xin uống sử dụng lactic acid bacteria – LAB - Ứng dụng kỹ thuật gen nghiên cứu vaccine giải độc tố/ vaccine dung hợp phòng Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) cho heo con theo mẹ - Nghiên cứu ứng dụng peptide/protein nhắm trúng đích tế bào M để phân phối vaccine uống - Ứng dụng các polymer phân huỷ sinh học trong việc phân phối thuốc bôi da.

Sinh địa hóa: Đánh giá sức khỏe của hệ sinh thái rừng ngập mặn và định lượng các dòng khí nhà kính trao đổi giữa các hệ sinh thái nông nghiệp ở vùng Đồng Tháp Mười; Đánh giá hiệu quả tự phục hồi của hệ sinh thái rừng ngập mặn bị bão tấn công ở khu dự trữ sinh quyển rừng ngập mặn Cần Giờ; Cân bằng carbon trong hệ sinh thái đất ngập nước theo mùa ở Vườn quốc gia Lò Gò - Xa Mát, tỉnh Tây Ninh; Phân tích ảnh hưởng của các biện pháp canh tác, hoạt động kỹ thuật trong công tác trồng lúa lên năng suất và dòng khí nhà kính trao đổi.

Tiến hóa và đa dạng sinh học: Nghiên cứu trong lĩnh vực Sinh học và Sinh thái Biển: nghiên cứu về đặc trưng sinh học, sinh thái và liên kết quần thể (quá trình di cư, phát tán và kết nối của các loài cá nước ngọt và cá biển), sự phân bố và phục hồi của quần thể, các yếu tối môi trường chi phối sự phân bố và phát triển của các loài cá...; Nghiên cứu và xây dựng cơ sở dữ liệu ở mức độ phân tử về tiến hóa và đặc tính sinh học trên một số đối tượng nhằm đánh giá tiềm năng di truyền, bảo tồn và phát triển nguồn gen của các loài sinh vậy quý và đặc hữu của Việt Nam, các loài có giá trị kinh tế và đang bị khai thác cạn kiệt (như các loài Cá, Ốc, Lưỡng Cư); Nghiên cứu tác động của con người đến sự phân bố, tập tính dinh dưỡng của Lưỡng cư, góp phần bảo tồn đa dạng sinh học và cảnh quan tự nhiên của rừng đầu nguồn.